秦桧南归后，当人们问起他是如何逃出来时，他自称是杀死监视他们的金兵夺船回来的。臣僚们听完他的叙述，随即提出一连串问题：一是秦桧是与孙傅、何粟、司马朴、张叔夜等官员一起被俘的，为什么唯独他一人能逃归；二是从燕山府（今北京城西南）到楚州两千八百里，楚州至京又有千里之遥，肯定要跋山涉水，难道这一路上就没有碰到盘查询问他的人，幸而一帆风顾地南归；三是如果金人只是命令秦桧随军，金人再有意放纵他，但也要把他的家眷作为人质扣留，怎么可能让他们夫妻同行？所有这些疑问，只有他的密友、宰相范宗尹和李回为他辩解，并竭力举荐他始终忠于赵家皇朝。
即便如此，秦桧的南归还是有诸多可疑之处，再加上他专权后力主议和，并提出了“南自南，北自北”的主张，签订了丧权辱国的“绍兴和议”，向金纳币称臣，完全不以国家、民族利益为重。如此一来，大多数人们都认为，秦桧是“完颜昌纵之使归”“俾得和议为内助”的。难道秦桧真的是金人放归做内奸的？此说虽能言之成理，但却查无实据。由此看来，秦桧神秘南归，只有他自己清楚是怎么一回事，对于其他人来说，或许是一个永远无法解开的谜。